Die Wurzeln der PROTERRA-Aktivitäten liegen in der Umweltbildung, in der Umweltforschung, im Umweltmanagement sowie in der entwicklungspolitischen Bildungs- und Versöhnungsarbeit. Räumliche Schwerpunkte der Projekte waren vor allem Griechenland und das südliche Afrika.

1987 wurde die Kykladen-Insel Naxos als erste Modellregion für landschaftsökologische Studien und lokale Umweltprojekte ausgewählt. In Kooperation mit dem Ökologischen Zentrum Naxos (K.O.E.N.) und der Naxos Academy hat PROTERRA in Griechenland zahlreiche Projekte zum Natur- und Umweltschutz, Mitgliederreisen, Schulexkursionen, Studierendenpraktika der Geographischen Institute der Universitäten Basel, Hannover und Göttingen, Diplomarbeiten, Dissertationen, Ausbildungsseminare für sanften Tourismus sowie internationale Workcamps und Sommeruniversitäten „European Environmental Campus“ begleitet. Es wurden dabei Grundlagen über Böden, Vegetation, Klima und Wasserhaushalt mediterraner Ökosysteme erforscht und Informationsmaterialen zum Küstenschutz und umweltverträglichen Tourismus auf Naxos erarbeitet. Im Bergland von Naxos hat sich PROTERRA und das Ökologische Zentrum Naxos in die Diskussion der Gemeinden über eine nachhaltige Regionalentwicklung eingeschaltet. Vorbildcharakter und überregionale Bedeutung erlangte das von PROTERRA initiierte EU-Projekt MEDSPA zum Schutz von Böden und Wasser in T’Aperáthou auf Naxos.

Unter dem Leitbild „Nature-Culture-Society“ arbeitete PROTERRA an Bildungsprojekten im EU-Programm COMENIUS für eine nachhaltige Entwicklung in Europa.

Im Laufe der Projektkooperation konnte das Netzwerk der PROTERRA-Partnerorganisationen in Europa stetig ausgebaut werden. Ab 1996 wurde das EU-COMENIUS-Projekt „TRIANET-Geoinformation Systems and Electronic Communication Networks As Instruments For Environmental Education“ ins Leben gerufen. Unter dem Leitbild von Gerda Freise „Lernbereich Natur-Kultur-Gesellschaft“ wurden Daten über die Partnerregionen erhoben und im Internet Informationen zur Umweltsituation im Mittelmeerraum präsentiert. Auf der Basis des TRIANET-Projektes organisierte PROTERRA von 1999 bis 2006 internationale Lehrerfortbildungen zu den Themen Geographische Informationssysteme, Landschaftsökologie, Umweltschutz und nachhaltige Entwicklung. Projektpartner aus Universitäten und Schulen in Deutschland, Griechenland, Italien, Spanien und Finnland beteiligten sich an der Konzeption und Durchführung der europäischen Fortbildungskurse.

2003-2011 förderte PROTERRA die von der Marie Curie Schule Ronnenberg durchgeführten EU-COMENIUS-Projekte „Students Plan Their Future” und „Europe in Motion – Mobility and Home”. Schüler*innen und Lehrer*innen der vernetzten europäischen Partnerschulen erforschten projektbezogen Themen im Kontext Natur-Kultur-Gesellschaft in der Modellregion ihrer Schule und tauschten sich auf den turnusmäßig organisierten Projekttreffen und Geländepraktika in Deutschland, Griechenland, Italien, Spanien, Litauen und Finnland über die Ergebnisse ihrer Recherchen aus. So entstanden nachhaltige Zukunftspläne für die Partnerregionen in Europa, die als Leitbilder im Internet sowie auf internationalen Foren präsentiert wurden. PROTERRA leistete mit projektbezogenen “Einführungen in Geographische Informationssysteme” wertvolle Hilfe beim Aufbau einer digitalen Geodatenbasis für die Modellregion Calenberger Land und der Insel Naxos und stellte Kontakte zu europäischen Partnern her.

2001 bis 2011 förderte PROTERRA die internationale Jugendarbeit mit dem südlichen Afrika. 2008 wurde das Projekt „Youth Action Namibia Germany“ (YANG), eine Jugendkooperation zur Versöhnung mit Namibia, ins Leben gerufen. Räumlicher Schwerpunkt war Namibia mit Partnerorganisationen in den Regionen Khomas, Hardap, Erongo und Otjozondjupa. Jugendliche aus Deutschland und Namibia arbeiteten gemeinsam unter dem Motto “Deutsch-namibische Jugendaktion zur Versöhnung” an aktuellen Themen und Zukunftsfragen in den Regionen der Herero und Nama in Namibia, die besonders unter der deutschen Kolonialherrschaft zu leiden hatten.

Für die von PROTERRA unterstützten Jugendkooperationsprojekte „German-Namibian Action Youth for Reconciliation“ mit den ethnischen Minderheiten Herero und Nama in Namibia wurden die aktiven Jugendlichen der Marie Curie Schule 2002 und 2008 mit dem Schülerfriedenspreis des Landes Niedersachsen ausgezeichnet.

2009 bis 2011 initiierte und koordinierte PROTERRA die Kooperationsprojekte „Jugendtheater für Menschenrechte in Europa und Afrika“ und “Jugendtheater für Menschenrechte in Afrika – Namibia und Südafrika”, die von der Niedersächsischen Bingo-Stiftung, dem Evangelischen Entwicklungsdienst (EED) und der Aktion Selbstbesteuerung gefördert wurden.